基因突变国际（HGVS）标准表示标准

人类基因组变异协会（HGVS， Human Genome Variation Society）所制定的突变命名规则，是当前全球学术界与临床遗传学领域公认的、用于精准描述基因变异的标准规范，它为基因突变、多态性等遗传变异的命名提供了统一、明确且可追溯的标准化表示方式[1-2]。

1. HGVS对人类基因组变异的标准命名

表1 突变表示方式及中文释义

2. 举例说明标准表示后的含义

根据人类基因组变异协会（HGVS）的命名规则，基因组变异主要分为以下几类，每类都有其特定的描述方式：

（1）置换（>）

指单个核苷酸被另一个不同的核苷酸所替代，在命名中使用“>”符号连接原始碱基与替代碱基。示例：g.1318G>T

（2）缺失（del）

指从序列中移除一个或多个连续的核苷酸，使用后缀“del”表示。示例：g.3661_3706del

（3）倒置（inv）

指一段长度大于一个核苷酸的序列，被其反向互补序列所替换，使用后缀“inv”表示。示例：序列CTCGA变为TCGAG，可描述为相应位置的倒置。

（4）重复（dup）

指一个或多个核苷酸的拷贝直接插入到原始序列的紧邻下游（即串联重复），使用后缀“dup”表示。示例：g.123_126dup（原序列“ATCG”后额外插入一份“ATCG”拷贝）

（5）插入（ins）

指在序列中插入一个或多个新的核苷酸，且插入的序列并非其上游序列的直接拷贝，使用后缀“ins”表示。示例：g.123_124insTACG（在位置123和124之间插入了序列“TACG”）

（6）缺失-插入（delins）

指一段序列被移除，并被另一段不同的序列所取代。这是一种组合事件，既非简单置换，也非倒置或转换，使用“delins”表示。示例：g.100_105delinsTTGA（位置100至105的原始序列被“TTGA”取代）

（7）转换（con）

指一种特殊类型的缺失-插入事件，其中替代原始序列的新序列来源于基因组中的另一个位点，可理解为一段序列被“拷贝”并“粘贴”到当前位置，取代了原有序列。示例：g.100_200con500_600（表示位置100-200的序列被位置500-600的序列所替换）

3. 不同维度表示方法存在差异

描述基因变异时，其具体表述形式取决于所采用的参考序列与分子层次（如DNA、RNA或蛋白质）。目前通用的参考序列主要包括：

（1）基因组参考序列（前缀 g.）；

（2）cDNA参考序列（前缀 c.）

（3）非编码DNA参考序列（前缀 n.）

（4）RNA参考序列（前缀 r.）

（5）蛋白质参考序列（前缀 p.）

参考序列的选择具有明确的实际意义。例如，在描述DNA层面的变异时，若需明确内含子区域突变与相邻外显子的位置关系，通常优先选用cDNA参考序列，因其编号体系能更清晰地体现外显子-内含子边界。此外，许多致病性变异常直接基于蛋白质序列变化进行描述，以直观反映其对蛋白质结构与功能的影响。

Ⅰ. cDNA突变表达方式

替换：指某个特定位置的碱基被另一种碱基取代，使用符号“>”表示。示例：c.123A>T 表示第123位的碱基A被T取代。

缺失：指一个或多个连续碱基发生丢失，使用后缀“del”表示。示例：c.2052delA 表示第2052位的碱基A缺失。

插入：指在特定位置之间增添了一个或多个新的碱基，使用后缀“ins”表示。示例：c.5756_5757insAGG 表示在第5756与5757位点之间插入了碱基序列AGG。

缺失插入：指一段序列被移除，同时被另一段不同的序列所取代（不属于简单替换、倒置或转换），使用“delins”表示。示例：c.6775delinsGA 表示第6775位的碱基缺失，并被序列GA取代。

重复：指一个或多个碱基的拷贝直接插入到原始序列的相邻下游（形成串联重复），使用后缀“dup”表示。示例：c.6_8dupT 表示第6至8位发生了碱基T的重复插入。

Ⅱ. 内含子突变描述

根据人类基因组变异协会（HGVS）命名规则，内含子中的突变以其相邻外显子为坐标进行描述。“+”表示下游内含子（位于外显子之后），“-”表示上游内含子（位于外显子之前）。具体表现形式如下：

表2 内含子突变的标准表示方式

蛋白质对应突变的表示方式

在蛋白质水平，HGVS命名规则使用前缀“p.”描述氨基酸序列的变异，具体类型及示例如下：

1. 替换

错义突变：一个氨基酸被另一个不同的氨基酸取代。示例：p.Trp26Cys（第26位的色氨酸被半胱氨酸取代）

无义突变：一个氨基酸被终止密码子取代。示例：p.Trp26Ter 或 p.Trp26*（第26位的色氨酸变为终止密码子）

同义突变：碱基改变未导致氨基酸变化。示例：p.Cys123=（第123位的半胱氨酸未改变）

2. 缺失

指一段连续的氨基酸序列发生丢失。示例：p.Ala3_Ser5del（从第3位的丙氨酸到第5位的丝氨酸缺失）

3. 插入

在指定位置之间插入一段新的氨基酸序列。示例：p.Lys2_Gly3insGlnSerLys（在第2位的赖氨酸与第3位的甘氨酸之间插入谷氨酰胺、丝氨酸和赖氨酸）

4. 缺失-插入

一个或多个氨基酸被一段不同的序列所取代。示例：p.Cys28delinsTrpVal（第28位的半胱氨酸缺失，并被色氨酸和缬氨酸取代）

5. 重复

一个或多个氨基酸的串联重复。示例：p.Ala2[10]（第2位的丙氨酸重复了10次）

6. 移码突变

因碱基的插入或缺失导致阅读框改变，通常以“fs”表示，并标注新的终止密码子位置。示例：p.Arg97ProfsTer23（第97位的精氨酸变为脯氨酸，并由此发生移码，新的终止密码子位于第23位）

参考

[1] https://www.hgvs.org/

[2]https://www.plob.org/article/27350.html