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公共数据库一网打尽常规数据可视化--PCA、火山图、热图、基因本体论（GO）（二）2025-11-29用DESeq2进行标准化与差异表达分析。通过PCA评估数据质量后，共筛选出9174个差异基因，并利用火山图和热图进行可视化。最后对上下调基因分别进行GO与KEGG富集分析，系统完成了从表达矩阵到功能注释的RNA-seq下游分析全流程。
Bulk RNA-seq 生信分析全流程实例版（一）2025-11-23通过Bulk RNA-seq分析人类胎盘转录组，完整流程包括：从ENA数据库下载原始测序数据；使用fastp进行质控；通过HISAT2将reads比对至GRCh38参考基因组；最后利用featureCounts进行基因定量。该流程为标准化RNA-seq分析提供了从原始数据到基因表达矩阵的完整实操方案。
GEO、ENA、SRA数据库科普与下载全攻略2025-11-23GEO、ENA与SRA是三大主流生物数据公共库。GEO主要存储处理后的表达矩阵，便于复现分析；ENA和SRA则存放原始测序数据。ENA支持Aspera高速下载，SRA可通过SRA Toolkit获取数据。研究人员可根据需求选择：GEO直接获取表达矩阵，ENA/SRA下载原始FASTQ文件，从而快速构建分析流程。
人类胎盘高通量mRNA测序图谱揭示孕早期至孕晚期转录组重塑的巨大变化2025-11-23本研究通过高通量mRNA测序构建了人类胎盘最大转录组图谱，涵盖124例孕早期和43例孕晚期样本。研究发现孕早期至孕晚期存在广泛的转录组重塑，86.7%的基因呈现差异表达，同时鉴定出1,610个稳定表达基因。该图谱为理解胎盘发育机制及妊娠相关疾病研究提供了重要资源。
RNA测序分析（五）从标准化到差异表达：DESeq2 实操指南2025-11-14DESeq2是RNA-seq差异表达分析的核心工具，通过对原始计数进行标准化、离散度估计和统计检验，识别不同条件间的显著差异表达基因，并支持PCA、火山图等可视化结果展示。
RNA测序分析（四）从比对到定量：使用 featureCounts 快速计算基因表达量2025-11-14featureCounts是RNA-seq分析中用于基因表达定量的核心工具。它通过比对后的BAM文件和基因注释文件GTF，快速统计映射到每个基因上的reads数，生成基因计数矩阵，为DESeq2等差异表达分析提供直接输入。
RNA测序分析（三）基因组比对：HISAT2 实操2025-11-08RNA-seq分析中，基因组比对是确定测序reads在参考基因组上位置的关键步骤。HISAT2是广泛使用的比对工具，它通过高效的索引算法快速准确地完成比对，尤其擅长识别RNA剪接位点。基本流程包括：使用hisat2-build构建基因组索引；通过hisat2命令进行双端reads比对生成SAM文件；最后使用samtools将SAM转为BAM、排序、建索引并生成比对统计报告，为后续基因表达定量分析奠定基础。
RNA测序分析（二）：参考基因组到底选哪个？2025-11-07在RNA-seq分析中，参考基因组的选择至关重要。当前主流推荐使用GRCh38/hg38版本，其在GRCh37基础上进行了显著改进。需注意同一基因组版本在不同数据库（如Ensembl、RefSeq）中的注释文件不同：RefSeq注释更权威稳定，适合稳健分析；Ensembl注释更全面且更新快，利于新转录本探索。选择时务必保证基因组序列与注释文件版本一致，这是获得可靠比对结果的基础。
从原始数据到高质量RNA-seq（一）：fastp 1.0让FASTQ清洗更智能2025-11-07astp 1.0是一款超快全能的FASTQ数据清洗工具，适用于RNA-seq等测序数据的预处理。它能自动识别并去除接头序列、低质量碱基、polyG/polyX尾等污染物，支持多线程并行处理，并生成交互式HTML质控报告。相比传统工具，fastp速度提升显著，在保证数据质量的同时大幅提高分析效率，是当前生信分析中FASTQ预处理的首选方案。