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Human protein atlas 人体蛋白在细胞、组织、病理条件下的表达 ，荧光染色和表达信息使得网站很炫也很实用。 [http://www.proteinatlas.org/]

Pfam是蛋白质家族的数据库，包括使用隐马尔可夫模型生成的注释和多序列比对[http://pfam.xfam.org/]。

SwissProt 手动注释的非冗余蛋白序列数据库  [https://www.expasy.org/resources/uniprotkb-swiss-prot]。

UniProt [https://www.uniprot.org/]。

InterPro 通过整合多个蛋白相关数据库，提供了一个方便的对蛋白序列进行功能注释的平台，包括对蛋白质家族、结构域、功能位点的预测[https://www.ebi.ac.uk/interpro/]。

PIR [https://proteininformationresource.org/]。

Antibodies [http://www.bioinf.org.uk/abs/]。

BRENDA [https://www.brenda-enzymes.org/]。

HPRD [https://www.hprd.org/]。

iProClass [https://proteininformationresource.org/pirwww/dbinfo/iproclass.shtml]。

PRF [https://www.prf.or.jp/]。

REBASE [https://rebase.neb.com/rebase/rebase.html]。

PDB [https://www.rcsb.org/]。

SCOP [https://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/]。

CATH [http://www.cathdb.info/]。

PSI [http://www.uwstructuralgenomics.org/]。

DALI 蛋白质结构比对[http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/dali/]

foldseek 蛋白质结构比对[https://search.foldseek.com/search]

PRIDE [https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/]。

PROSITE 最全面 [https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/]。

Pfam 最专业[http://pfam.xfam.org/]。

ProDom [http://prodom.prabi.fr/]。

CCD [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtm]。

Prints [https://www.bioinf.manchester.ac.ukdbbrowser/PRINTS/index.php]。

SMART [https://smart.embl.de/]。

TIGRFAM [https://www.jcvi.org/research/tigrfams]。

STRING [https://cn.string-db.org/]。

DIP 实验验证的蛋白相互作用数据库[https://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Main.cgi]。

BioGRID [https://thebiogrid.org/]。

IntAct [https://www.ebi.ac.uk/intact/]。

CFSSP [http://www.biogem.org/tool/chou-fasman/]。

SOPMA [https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl]。

PredictProtein [https://www.uni.lu/en/]。

SWISS-MODEL [https://swissmodel.expasy.org/interactive]。

AlphaFold Protein Structure Database[https://www.alphafold.ebi.ac.uk/]。

ESM Metagenomic Atlas [https://esmatlas.com/resources?action=fold]。

CavityPlus |蛋白质结合口袋预测 [http://www.pkumdl.cn:8000/cavityplus/#/]。

ProtParam 蛋白特性分析是指蛋白的一些物理和化学参数，如分子量、等电点、氨基酸和原子组成、消光系数、半衰期、不稳定系数、脂肪族氨基酸指数、亲水性[https://web.expasy.org/protparam/]。

Protscale 蛋白氨基酸的亲疏水性主要由其侧链基团R，如果R只是H或是C、H两元素组成的话，都是疏水的，如果含有极性侧链基团，如-OH、-SH、-COOH、-NH2 等，则就是极性的（亲水的）。[https://web.expasy.org/protscale/]

TMHMM 蛋白的跨膜结构分析对于预测蛋白的亚细胞定位密切相关。[https://services.healthtech.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/]

SignalP 峰信号位置为信号肽切割点，峰之前的序列为信号肽 信号肽是指引导新合成的蛋白质向分泌通路转移的短肽链，常位于蛋白的N-末端，负责把蛋白质引导到不同膜结构的亚细胞器内。[https://services.healthtech.dtu.dk/services/SignalP-5.0/]

NetPhos 蛋白质磷酸化指由蛋白质激酶催化的把 ATP 的磷酸基转移到底物蛋白质氨基酸残基（丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸）上的过程，或者在信号作用下结合 GTP（通常以 GTP 取代 GDP）[https://services.healthtech.dtu.dk/services/NetPhos-3.1/]

Predictor of Natural Disordered Regions (PONDR)|蛋白无序区域预 [https://www.pondr.com/]。

DrLLPS - Data resource of LLPS|相分离数据库[https://llps.biocuckoo.cn/]。

RNA参与的液液相分离数据库[https://rps.renlab.cn/#/Home]。

蛋白质体外液液相分离数据库[http://bio-comp.org.cn/llpsdbv2/home.html]。

相分离相关蛋白数据库 [https://db.phasep.pro/]。

FuzDrop |基于序列的蛋白相分离能力预测 [https://fuzdrop.bio.unipd.it/predictor]。

RBP2GO [https://rbp2go.dkfz.de/]。

RBPDB RBP数据库，可以查到互作的蛋白，相关的实验信息 [http://rbpdb.ccbr.utoronto.ca/]。

iDRBP_MMC 基于序列的用于鉴定DNA结合蛋白和RNA结合蛋白的计算预测[http://bliulab.net/iDRBP_MMC/]。

Software - IBS - Institut de Biologie Structurale - Grenoble / France|结构计算软件[https://www.ibs.fr/fr/research/scientific-output/software/?lang=fr]。

De Novo Protein Structure Prediction by QUARK|从头预测结构[https://aideepmed.com/QUARK/]。

Home - cara nmr ch|核磁指认软件CARA [http://cara.nmr.ch/doku.php]。

RNAfold web server|RNA预测   [http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi]。

Installing Sparky|核磁软件Sparky [https://www.cgl.ucsf.edu/home/sparky/manual/install.html]

Installing updated Sparky|更新的核磁软件Sparky [https://nmrfam.wisc.edu/nmrfam-sparky-distribution/]

NMRPipe Introductory Tutorial|核磁软件NMRPipe入门 [https://spin.niddk.nih.gov/bax/software/NMRPipe/doc1/#NMRPIPE%20WORKFLOW]

NMRPipe Processing Functions|NMRPipe函数  [https://spin.niddk.nih.gov/NMRPipe/ref/nmrpipe/]

TopSpin manual|核布鲁克谱仪软件 [https://www.pascal-man.com/pulseprogram/ppavance3-manual.shtml]

Sparky Manual|核磁软件Sparky入门 [https://www.cgl.ucsf.edu/home/sparky/manual/index.html]

化学位移信息[http://www.bmrb.wisc.edu/ref_info/statsel.htm]

Programs for Protein, DNA, and RNA structure determination by NMR  [https://www.cgl.ucsf.edu/home/sparky/nmrlinks.html]

saxs|小角散射   [https://www.embl-hamburg.de/biosaxs/manuals/]

NCBI (National Center for Biotechnology Information）是美国国立生物技术信息中心构建的生信数据库，目前最全面的数据库。[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/]。

欧洲分子生物学实验室EMBL（The European Molecular Biology Laboratory），目前蛋白质信息最全部的数据库UniProt就是他家开发的。[https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home]。

DDBJ (DNA Data Bank of Japan)，于1984年建立，是世界三大DNA 数据库之一，与NCBI的GenBank，EMBL的EBI数据库共同组成国际DNA数据库 。该数据库最为常用的就是他家的KEGG通路数据库。[https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html]。

中国国家数据库（China National GeneBank）位于深圳大鹏新区，是继世界三大数据库之后的全球第四大国家级数据库。它是中国首个，也是唯一一个国家基因库，相对于全球另外三个基因库而言，国家基因库样品保存的规模、存储量和可访问的数据量皆是全球最大。[https://db.cngb.org/]。

中国国家基因组科学数据中心 生命与健康大数据中心 (National Genomics Data Center BIG Data Center)，由北京基因组研究所管理。[https://ngdc.cncb.ac.cn/]。

在线比对 [http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/]。

Blast [https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi]。

Clustal [http://www.clustal.org/]。

MEGA(软件) [ https://www.megasoftware.net/]。

qPrimerDB | qPCR的引物数据库[https://qprimerdb.biodb.org/]。

CRISPOR | CRISPR cas9 体系的sgRNA设计 [http://crispor.tefor.net/]。

METASCAPE | 提供基因名列表，做GO分析  [http://metascape.org/gp/index.html#/main/step1]。

ensembl | 多物种同源基因分析   [http://www.ensembl.org/biomart/martview/925f2f352242edfd60e72c3b4c810b06]。

GeneCard  [https://www.genecards.org/]。

Blast [https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi]。

Interproscan [http://www.ebi.ac.uk/interpro/]。

WEGO [http://wego.genomics.org.cn/]。

KAAS [https://www.genome.jp/tools/kaas/]。

FGENESH [http://linux1.softberry.com/berry.phtml]。

AUGUSTUS    

[http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/submission.php]。

GENESCAN [http://argonaute.mit.edu/GENSCAN.html]。

GeneMark [http://topaz.gatech.edu/GeneMark/]。

Glimmer [https://ccb.jhu.edu/software/glimmer/index.shtml]。

Exon-Intron Graphic Maker 根据候选基因的外显子和内含子等信息绘制基因结构 [http://wormweb.org/exonintron]。

Blastp 可在线获取蛋白结构域的注释和位置信息[https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi]。

OrthoDB是直系同源物的综合目录[https://www.orthodb.org/]。

Plantcare [https://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/]

psRNAtarget [http://plantgrn.noble.org/psRNATarget/analysis]。

ArrayExpress 数据来自EMBL的高通量功能基因组学实验的数据 [https://www.ebi.ac.uk/biostudies/arrayexpress]；

BAR 在分析基因功能时，通常会参考基因的表达模式，即基因在植物不同组织不同发育时期的表达丰度变化。通过在线分析网站BAR对候基因进行表达分析。 是一个植物生信分析资源网站，用该网站分析基因表达时，不仅可以获得基因表达模式的热图，还可以获得可视化的电子荧光图片，直观呈现基因在植物组织中的表达位置。[https://www.ebi.ac.uk/biostudies/arrayexpress]。

GSDS Gene Structure Display Server，基于基因组注释文件绘制序列基因结构等功能 [https://gsds.gao-lab.org/]。

Planteome [https://www.planteome.org/]。

dbGaP [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gap/]。

IPPN [https://www.plant-phenotyping.org/]。

PSORT Prediction [http://psort1.hgc.jp/form.html]。

Welcome to psort.org!!|亚细胞定位预测 [https://www.psort.org/]。

NLS Mapper|预测importin α-dependent 核定位[http://nls-mapper.iab.keio.ac.jp/cgi-bin/NLS_Mapper_form.cgi#opennewwindow]。

MapMan一个功能强大的代谢途径查看和编辑软件    [http://mapman.gabipd.org/]。

KEGG [https://www.kegg.jp/]。

GO [https://geneontology.org/]。

NCBI BioSystems [https://geneontology.org/]。

IMP [https://imp.princeton.edu/]。

plantCyc [https://plantcyc.org/]。

MANET [https://manet.illinois.edu/]。

MetaNetX [https://www.metanetx.org/]。

MataboLights [https://www.ebi.ac.uk/metabolights/]。

HMDB [https://www.hmdb.ca/]。

YMDB [https://www.ymdb.ca/]。

ECMDB[https://ecmdb.ca/]。

miRBase [http://www.mirbase.org/]。

piRNAbank [http://pirnabank.ibab.ac.in/]。

SILVA [https://www.arb-silva.de/]。

CircRNA [https://circbase.org/]。

LncRNAdb 真核生物长非编码RNA数据库[http://www.lncrnadb.org/]。

LncRNAwiki 人类长非编码RNA数据库 [https://ngdc.cncb.ac.cn/lncrnawiki1/index.php/Main_Page]。

Rfam 类似于Pfam的RNA家族注释数据库[https://rfam.org/]。

RNAcentral [https://rnacentral.org/]。

COSMIC | Catalogue of Somatic Mutations in Cancer  [https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/login]。

Home page - Cancerrxgene - Genomics of Drug Sensitivity in Cancer [https://www.cancerrxgene.org/]。

The Cancer Genome Atlas (TCGA)  [https://www.cancer.gov/ccg/research/genome-sequencing/tcga]。

CiteAb - The Life Science Data Provider|抗体选择  [https://www.citeab.com/]。

Jiumo E-Book Search 鸠摩搜书 [https://www.jiumodiary.com/]。

全国图书馆参考咨询联盟 [https://bionmr.ustc.edu.cn/links.html]。

《默沙东诊疗手册大众版》[https://www.msdmanuals.cn/home]。

生物软件网 在线蛋白工具  [http://www.bio-soft.net/prool.html#opennewwindow]。

单字母简写转换成三字母氨基酸 - 在线工具 - 纽普生物 – NovoPro  [https://www.novopro.cn/tools/one_to_three.html]。

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